En 2021 el Consejo Directivo de Centro Mexicano Pro Bono A.C,. liderado por su entonces presidente Carlos del Río, trazaron una estructura de gobierno interno con el objeto de fortalecer la institucionalización y permanencia a largo plazo de la organización. En la estructura se contempla asociados fundadores, miembros y honorarios.
Dentro de esta nueva estructura, el Consejo Directivo, hoy encabezado por Andrés Nieto, contempla atribuciones, funciones, y el trabajo en comités, que aunado al perfil de cada miembro del consejo, permite a dicho órgano colegiado una adecuada y certera toma de decisiones. Por otro lado, se contempla la figura de un Consejo Consultivo dedicado a trabajar en la estrategia de la organización. La Dirección Ejecutiva continúa siendo el motor de operación del centro, ejecutando la encomienda del Consejo Directivo. Esta nueva gobernanza fortalece la apropiada asignación de funciones y responsabilidades de todos los órganos que resulta en una organización sólida, transparente y diligente preparada para afrontar retos y oportunidades mediante la planeación estratégica.